La decisione segnerà la fine del coinvolgimento delle truppe australiane nel conflitto iniziato quando le forze statunitensi lanciarono la loro offensiva militare in risposta agli attacchi terroristici dell'11 settembre 2001 a New York.
L'Australia ha attualmente circa 80 membri del personale dispiegato in Afghanistan, con la sua presenza militare ridotta da oltre 1.500 negli ultimi due anni.
Il presidente degli Stati Uniti Joe Biden ha annunciato giovedì (AEST) che è "ora di finire" la guerra più lunga d'America, 20 anni dopo l'inizio.
Morrison era quasi in lacrime quando ha letto i nomi di 41 soldati dell'Australian Defence Force uccisi mentre prestavano servizio in Afganistan.
"La perdita è grande, il sacrificio immenso, il loro coraggio è una cosa di cui possiamo parlare, ma che non conosceremo mai direttamente", ha dichiarato ai giornalisti.
Molti altri sono stati feriti, alcuni fisicamente, altri mentalmente e molti dovranno vivere con le cicatrici, sia mentali che fisiche, del loro servizio".
A Morrison è stato chiesto se fosse valsa la pena per l'Australia mandare truppe in Afganistan, data la perdita di vite australiane.
"Per conquistare la libertà ne vale sempre la pena - gli australiani ci hanno sempre creduto", ha affermato.
L'ex presidente degli Stati Uniti George W. Bush aveva lanciato l'offensiva nell'ottobre 2001 in risposta al timore che l'Afganistan controllato dai talebani fosse diventato un rifugio sicuro per Al Qaeda, il gruppo dietro agli attacchi dell'11 settembre.
L'ex primo ministro australiano John Howard nello stesso mese impegnò le forze australiane nel conflitto in quanto parte della Coalizione internazionale contro il terrorismo guidata dagli Stati Uniti.
I talebani sono stati estromessi dal potere nel 2001 dalle forze guidate dagli Stati Uniti, ma da allora il conflitto con il gruppo militante è persistito in Afganistan.
L'Australia ha mandato circa 39.000 truppe a rotazione nel Paese nel corso del conflitto.
L'uscita militare degli Stati Uniti e dell'Australia arriva dopo che i colloqui di pace con i talebani e il governo democratico dell'Afganistan non sono riusciti a far cambiare le cose, ed i talebani rimangono una forza potente nel Paese.
Morrison ha riconosciuto che il conflitto aveva richiesto un "tributo enorme" per popolo afgano e la prospettiva della pace rimane lontana.
"L'Australia continua a sostenere i negoziati di pace tra il governo afgano ei talebani", ha affermato.
"Incoraggiamo entrambe le parti ad uscire dal processo di pace per il quale sono morti tanti australiani".
Secondo stime delle Nazioni Unite, sono morti più di 100.000 civili afgani nei 20 anni di conflitto. L'anno scorso, un'inchiesta di quattro anni sulle accuse di crimini di guerra da parte delle forze speciali australiane in Afghanistan ha dettagliato prove "credibili" di 39 uccisioni illegali di civili o prigionieri afgani.
Morrison ha evitato di rispondere direttamente a domande su presunti crimini di guerra o se le truppe dell'Australian Defence Force avrebbero potuto fare di meglio.
"Ci sarà tempo per parlare di queste cose. Oggi non è il momento", ha risposto.
Giovedì, nel suo discorso alla Casa Bianca, Biden ha riconosciuto che gli obiettivi degli Stati Uniti in Afganistan sono diventati "sempre meno chiari" negli ultimi dieci anni.
“Non è mai stata pensata per essere una missione multi-generazionale. Siamo stati attaccati. Siamo entrati in guerra con obiettivi chiari. Abbiamo raggiunto questi obiettivi ", ha affermato Biden.
Il leader di Al Qaeda Osama bin Laden è stato ucciso dalle forze americane in Afganistan nel 2011.
L'annuncio di Biden ha prorogato la scadenza del 1° maggio per il ritiro, fissata dal suo predecessore repubblicano Donald Trump.
"È ora di porre fine alla guerra che va avanti da troppo tempo", ha affermato Biden.
Morrison ha dichiarato che gli australiani coinvolti nel conflitto dovrebbero essere ricordati per il loro servizio.
"Questi coraggiosi australiani sono tra i più grandi mai esistiti che hanno prestato servizio in nome della libertà", Morrison ha dichiarato ai giornalisti a Perth giovedì.
"Li ringraziamo per il loro servizio con umiltà e gratitudine".
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